Um ihre Ziele zu erreichen und ihren Zweck zu erfüllen, richtet die Stiftung COMÚN einerseits Stiftungsfonds ein, andererseits setzt sie Stiftungsinitiativen um. Im Nachfolgenden werden die Fonds, die Gegenstand des Arbeitsprogramms 2023 sind, kurz erläutert. Über die jeweilige Mittelverwendung wird im Jahresbericht detailliert Auskunft gegeben. Die Fonds von COMÚN werden jährlich auf Vorschlag des Vorstands, in Absprache mit dem Beirat und den Rechnungsprüfern, aus dem Vermögen der Stiftung erstdotiert. Sie dienen der schnellen und unbürokratischen Finanzierung von externen Vorhaben, die sich zur Gänze im Einklang mit allen Grundsätzen der Stiftung befinden müssen.
Bei der Vergabe der Mittel stützt sich der Vorstand auf die Empfehlungen der für das Arbeitsjahr bestellten Fondsbeiräte. Diese werden vom Stiftungsbeirat ernannt und können auch Personen umfassen, die nicht Mitglied des Stiftungsbeirats sind, wobei der Vorsitz zwingend von einem Mitglied ausgeübt werden muss. Die Fondsbeiräte werden organisatorisch vom Büro der Stiftung unterstützt. Für das Arbeitsjahr 2023 wurden folgende Fonds der Stiftung COMÚN eingerichtet: